確定拠出年金を利用するにあたって必要となる手数料は、加入時のみに掛かる「加入時手数料」と運用期間中から受け取り期間中まで掛かる「年間手数料」が掛かります。 加入時手数料に関しては、どの金融機関でも共通に国民年金基金に2,777円が掛かりますが、それとは別に運営管理機関に支払う手数料が掛かる金融機関もあります。
注意するべきは年間手数料の部分になり、こちらも最低どの金融機関でも掛金拠出時に月167円（年2,004円）の手数料が掛かりますが、各金融機関によって別途口座管理手数料が設定されております。

安い金融機関では無料というのもありますが大体400～600円程度毎月掛かる金融機関が多く見られます。

iDeCoは、長期にわたって運用するため、金融機関を選ぶ際には、低コストのインデックスファンドを運用商品として取り揃えていることが重要になります。 また、投資信託で運用をお考えの方は、日本株式型、外国株式型（先進国、新興国）、国内債券型、外国債券型、などの全てのカテゴリーがそろっている金融機関が望ましいです。